Les députés souhaitent pouvoir utiliser tout le temps qui leur est imparti pour convaincre la Commission et les Etats membres de la nécessité d'établir les nouvelles règles selon la procédure de codécision entre le Parlement et le Conseil. La député européenne Marie-Hélène Aubert a déclaré notamment qu'il n'y a « aucune nécessité de décider en urgence sur cette réglementation qui n'entrera en vigueur qu'au 1er janvier 2009 ». Les députés souhaitent que la base juridique du règlement (concernant les produits agricoles biologiques mais également les denrées alimentaires transformées) soit modifiée de façon à ce que celui-ci soit adopté selon la procédure de codécision entre le Parlement et le Conseil au lieu d'une simple consultation des députés.